Historia Katedry Metrologii i Analizy Instrumentalnej sięga lat sześćdziesiątych XX wieku. Specyfika ówczesnego Wydziału Towaroznawstwa sprawiała, że dyscypliny podstawowe, takie jak ekonomia, geografia czy matematyka, zajmowały mniej miejsca w planach studiów, natomiast chemia i fizyka była wykładana w większym wymiarze godzin. Po wydarzeniach marcowych 1968 roku władze centralne propagowały organizację instytutową szkół wyższych. Wyższa Szkoła Ekonomiczna w Krakowie należała do grupy pierwszych uczelni w Polsce, które przeszły w pełni na organizację instytutową. Stało się tak 1 maja 1969 roku. Wszystkie dotychczasowe katedry zostały nazwane zakładami i weszły w skład siedmiu instytutów. W ten sposób na wydziale Ekonomiki Obrotu powstał Instytut Towaroznawstwa, na czele którego stanął prof. Mieczysław Mysona i w ramach Instytutu powołano do życia Zakład Fizyki. Kierownictwo objął wówczas dr Tadeusz Hofmann. Natomiast w roku 1972 kierownictwo zakładu objął doc. dr Józef Kalisz, który kierował zakładem fizyki do 1985 roku. W roku 1985 został powołany na stanowisko kierownika prof. dr hab. Jerzy Łoskiewicz. Funkcję kierownika pełnił do 1992 roku, kiedy to już katedrę Fizyki przejął prof. dr hab. Andrzej Gajewski.
Po roku 2000, ówczesnej Akademii Ekonomicznej znacząco wzrosła liczba nowych kierunków studiów. Powstały też nowe przedmioty. Dlatego też w 2002 roku zdecydowano się na zmianę nazwy Katedry Fizyki na obecną nazwę tj. Katedrę Metrologii i Analizy Instrumentalnej by bardziej odzwierciedlała nauczane przedmioty. Od 2014 roku funkcję kierownika Katedry pełni prof. UEK Andrzej Chochół.