Historia Katedry Metrologii i Analizy Instrumentalnej sięga lat sześćdziesiątych XX wieku. Specyfika ówczesnego Wydziału Towaroznawstwa sprawiała, że dyscypliny podstawowe, takie jak ekonomia, geografia czy matematyka, zajmowały mniej miejsca w planach studiów, natomiast chemia i fizyka była wykładana w większym wymiarze godzin. Po wydarzeniach marcowych 1968 roku władze centralne propagowały organizację instytutową szkół wyższych. Wyższa Szkoła Ekonomiczna w Krakowie należała do grupy pierwszych uczelni w Polsce, które przeszły w pełni na organizację instytutową. Stało się tak 1 maja 1969 roku. Wszystkie dotychczasowe katedry zostały nazwane zakładami i weszły w skład siedmiu instytutów. W ten sposób na wydziale Ekonomiki Obrotu powstał Instytut Towaroznawstwa, na czele którego stanął prof. Mieczysław Mysona i w ramach Instytutu powołano do życia Zakład Fizyki. Kierownictwo objął wówczas dr Tadeusz Hofmann. Natomiast w roku 1972 kierownictwo zakładu objął doc. dr Józef Kalisz, który kierował zakładem fizyki do 1985 roku. Doc. dr J. Kalisz wraz z prof. Jerzym Michałem Massalskim i jego żoną fizyk teoretyczną Michaliną Massalską jest współautorem jednego z najlepszych zbiorów zadań z fizyki, który ukazał się na rynku polskim.  W roku 1985 został powołany na stanowisko kierownika prof. dr hab. Jerzy Łoskiewicz, pracownik Instytutu Fizyki Jądrowej PAN w Krakowie w latach 1957-2001. Prof. Łoskiewicz był wybitnym fizykiem, tłumaczem, mentorem i wychowawcą wielu młodych pokoleń fizyków, autorem wielu publikacji i kilkunastu książek. Członek Polskiego Towarzystwa Badań Radiacyjnych im. Marii Skłodowskiej-Curie w Warszawie, Funkcję kierownika pełnił do 1992 roku, kiedy to już katedrę Fizyki przejął prof. dr hab. Andrzej Gajewski.

     Po roku 2000, ówczesnej Akademii Ekonomicznej znacząco wzrosła liczba nowych kierunków studiów. Powstały też nowe przedmioty. Dlatego też w 2002 roku zdecydowano się na zmianę nazwy Katedry Fizyki na obecną nazwę Katedra Metrologii i Analizy Instrumentalnej by bardziej odzwierciedlała nauczane przedmioty. W latach 2014-2024 funkcję kierownika Katedry pełnił dr hab. inż. Andrzej Chochół, prof. UEK, wieloletni Rektor Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie. Od 2024 roku funkcję kierownika Katedry pełni dr hab. Justyna Syguła-Cholewińska, prof. UEK. 

      Na przestrzeni lat, Katedra Metrologii i Analizy Instrumentalnej współpracowała z wieloma instytucjami zarówno naukowymi jak i użyteczności publicznej. Należą do nich m.in. Politechnika Krakowska, Instytut Fizyki Jądrowej PAN, Akademia Górniczo Hutnicza czy Instytut Wysokich Ciśnień PAN w Warszawie. Wśród instytucji użyteczności publicznej znalazły się m.in. Wodociągi Miasta Krakowa, Miejskie Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej S.A. w Krakowie czy Polski Instytut Badań Jakości